Infos Biotech – Plan directeur pour un nouveau laboratoire d’essais sur le SRAS-CoV-2– Act-in-biotech

Pour l’éditeur – Le 11 mars 2020, l’Organisation mondiale de la santé a déclaré que la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) était une pandémie mondialeune. Au 29 mai, le virus à l’origine de la maladie, le SRAS-CoV-2, avait infecté plus de 5 813 000 personnes et tué plus de 360 ​​000 dans le monde (https://coronavirus.jhu.edu/map.html) Le virus continue de se propager dans le monde entier et, à ce jour, il n’existe aucune intervention médicale validée cliniquement pour prévenir ou guérir le COVID-19. Aux États-Unis et ailleurs, les mesures de santé publique visent à atténuer la propagation grâce à des tests de diagnostic, à l’auto-isolement et aux ordonnances de placement sur place2.

La présence d’individus présymptomatiques et légèrement symptomatiques dans la population générale est un facteur majeur des épidémies rapides et généralisées qui ont submergé les infrastructures de santé dans le monde, causant davantage de décès.2,3,4 4,5 5. Des tests approfondis dans des pays comme l’Islande, la Nouvelle-Zélande, l’Allemagne et la Corée du Sud, entre autres, se sont révélés être un outil efficace pour contrôler la propagation de la maladie.3,4 4,5 5,6 6,7 7.

Au début de nos efforts, le 14 mars 2020, le temps de réponse aux tests effectués par les étudiants de Berkeley à l’Université de Californie (UC) par le biais de laboratoires commerciaux a dépassé sept jours (UC Berkeley Tang Center, communication personnelle ) et aucun test rapide ou de surveillance n’était disponible. Les premiers intervenants de Berkeley City (chef des services d’incendie de Berkeley City, David Brannigan, communication personnelle) ou les populations vulnérables de Berkeley, y compris celles qui vivent dans des milieux rassemblés et non protégés.

Pour répondre au besoin d’augmentation de la capacité d’essai, l’Innovative Genomics Institute (IGI) de l’UC Berkeley a créé un laboratoire d’essais cliniques pour le SRAS-CoV-2 en trois semaines (voir « Chronologie de la création du laboratoire IGS SARS-CoV-2« Dans Figshare). La configuration opportune a présenté de formidables défis, notamment la navigation dans les réglementations fédérales et étatiques, la chaîne d’approvisionnement et les obstacles logistiques, et les défis liés à la desserte des populations au-delà de l’UC Berkeley (tableau une) Pour surmonter ces obstacles, nous travaillons en partenariat avec UC Berkeley University Health Services (UHS) et créons des équipes spécialisées pour exécuter les ressources techniques, opérationnelles, réglementaires, en ressources humaines, en gestion des données, en interface avec les médecins, en collecte de données, échantillons et rapports d’échantillons pour le laboratoire IGI (voir « Organigramme de test IGI SARS-CoV-2« Dans Figshare).

Tableau 1 Résumé des défis pour l’établissement du laboratoire de test IGI SARS-CoV-2

Lorsque nous avons commencé, notre campus ne disposait pas d’une installation de tests cliniques qui permettrait à nos volontaires de laboratoire de tests de travailler au niveau de biosécurité requis par notre campus pour le diagnostic du SRAS-CoV-2, et sans école de médecine avec un centre médical. Affilié, notre campus n’avait aucun mécanisme pour fournir des services médicaux aux patients hors campus. Pour desservir les populations au-delà du campus, nous avons établi des partenariats avec des centres de santé communautaires et mis en place un portail électronique conforme aux modifications de l’amélioration des laboratoires cliniques (CLIA) et à la loi sur la transférabilité et la responsabilité en matière d’assurance maladie (HIPAA) pour: demander et fournir les résultats des tests. Le portail s’intègre à notre système de gestion des informations de laboratoire (LIMS) (voir « Interface IGI avec les partenaires de santé UC et non UC« Dans Figshare).

Trois évolutions réglementaires ont permis notre travail technique. Le premier, le décret exécutif N-25-20 du 4 mars du gouverneur de Californie Gavin Newsom (voir « Liens utiles« Dans Figshare), il a modifié les exigences du personnel de laboratoire clinique effectuant des tests de diagnostic pour le SRAS-CoV-2 dans un laboratoire certifié, permettant à des scientifiques volontaires formés pour le personnel d’exploitation (voir »Formation du personnel et biosécurité« Sur Figshare). La seconde, la Food and Drug Administration des États-Unis (FDA), 16 mars, » Politique pour les tests de diagnostic de la maladie à coronavirus-2019 pendant l’urgence de santé publique « (voir »Liens utilesDans Figshare), il a simplifié le processus d’autorisation pour un test SARS-CoV-2, permettant l’adoption rapide d’un kit de test autorisé existant. Le troisième a augmenté la vitesse et la flexibilité des procédures d’octroi de licences nationales et fédérales pour les installations de laboratoire clinique dans le cadre du programme CLIA (voir « Liens utiles« Dans Figshare).

Le programme CLIA des Centers for Medicare et Medicaid Services réglemente tous les tests de laboratoire clinique aux États-Unis. USA, garantissant la précision et la fiabilité des résultats des tests des patients. Conformément aux exigences réglementaires étatiques temporairement assouplies, nous avons obtenu la certification CLIA pour le laboratoire de test IGI en étendant la licence CLIA existante au UC Berkeley Student Health Center (voir « Conformité normative«À Figshare). En nous associant à la clinique du campus, nous avons pu combiner leur expertise en laboratoire médical et clinique avec l’accès IGI à un niveau de biosécurité (BSL) -2+ d’espace de laboratoire, de l’équipement et l’expertise technique de scientifiques IGI et UC Berkeley Cette expérience combinée a été essentielle à la mise en œuvre rapide du test SARS-CoV-2 avec une surveillance réglementaire complète.

En plus d’une licence d’installation, d’autres étapes étaient nécessaires pour la conformité réglementaire. Tout d’abord, le laboratoire a obtenu une autorisation d’utilisation biologique du comité de biosécurité institutionnelle de l’UC Berkeley (le laboratoire et le comité de biosécurité environnementale), qui a déterminé le niveau de biosécurité et la nature de l’équipement de protection individuelle (EPI) requis pour recevoir des échantillons. des patients et les traiter sur place. Deuxièmement, alors que le décret du gouverneur Newsom autorisait d’autres personnes en plus du personnel de laboratoire clinique (CLS) à développer et à doter en personnel un centre de dépistage du SRAS-CoV-2, il a conservé l’exigence essentielle de surveillance du CLS avec congés et documentation de la formation appropriée du personnel. Le partenariat avec UHS nous a également permis de travailler sous la direction de son CLS agréé et de son directeur de laboratoire clinique, et ensemble, nous avons développé un programme d’évaluation et de formation rigoureux pour chaque membre de l’équipe de test, comprenant une formation sur la biosécurité et le flux de travail d’analyse. Test des chefs d’équipe (voir « Organigramme de test IGI SARS-CoV-2« Dans Figshare), ils sont formés tout au long du flux de travail de test, tandis que d’autres membres de l’équipe sont spécifiquement formés et testés dans la tâche qu’ils effectuent. La documentation de cette formation, ainsi que des preuves de formation dans un domaine pertinent, est envoyés au California Department of Public Health pour satisfaire les exigences en matière de personnel en vertu d’un décret. Troisièmement, conformément aux exigences de la CLIA pour une évaluation continue des compétences, nos chefs techniques ont été testés dans le cadre d’une évaluation des compétences par traitement d’échantillons. caché fourni par le Institut américain de la concurrence. Enfin, compte tenu de l’existence d’informations de santé protégées dans le laboratoire de test, la conformité HIPAA a été observée lors de l’établissement d’une formation HIPAA obligatoire pour tout le personnel de test. Au total, l’ensemble du processus de formation, de test et d’EPI prend en moyenne dix jours ouvrables (voir « Formation du personnel et biosécurité« Dans Figshare).

Des mesures de précaution supplémentaires ont été mises en place pour assurer la sécurité de notre personnel bénévole. Kits de prélèvement d’échantillons standard recommandés par les Centers for Disease Control des États-Unis. Etats-Unis Ils utilisent des tubes COPAN avec Universal Transport Medium (UTM), un tampon qui stabilise le virus avant l’analyse. Nous avons développé et validé notre propre kit de collecte d’échantillons de patients, qui utilise un agent chaotrope (DNA / RNA Shield, Zymo) au lieu de l’UTM (Fig. une et « Tests, LIMS et développement d’interfaces médicales« Dans Figshare). Cette substitution préserve non seulement l’intégrité de l’acide nucléique dans l’échantillon pendant le transport, mais inactive également les agents pathogènes au moment de la collecte des échantillons. De cette façon, nous minimisons la possibilité que des virus vivants entrent De plus, comme l’exige notre autorisation d’utilisation biologique, notre laboratoire fonctionne sous BSL-2 +, une norme de sécurité plus élevée que les conditions BSL-2 généralement utilisées avec le SARS-CoV-2 inactivé. Les exigences d’EPI pour tout le personnel du laboratoire de test comprennent une couche externe jetable et des masques N95 ajustés par des professionnels pour chaque membre du personnel.Une auto-évaluation quotidienne supplémentaire garantit que le personnel symptomatique est détecté le plus tôt possible pour éviter la transmission dans l’équipement (voir « Formation du personnel et biosécurité« Dans Figshare).

Fig. 1: Description générale du test IGI SARS-CoV-2 Testing Consortium.
Figure 1

Diagramme de flux de travail de test et d’essai IGI pour SARS-CoV-2 utilisant la méthode automatisée. Notre test commence par un kit de prélèvement d’échantillons personnalisé pour les écouvillons nasopharyngés (NP) ou oropharyngés (OP) (étape 1). Ce kit utilise des tubes de collecte alternatifs et un agent chaotrope, DNA / RNA Shield, pour inactiver le virus et le transporter vers nos installations (étape 2). Des codes à barres sont fournis pour connecter les formulaires d’admission des patients aux échantillons. Les échantillons sont transportés à l’IGI par courrier, où ils sont inspectés visuellement pour déterminer les critères de rejet avant de les décontaminer dans une enceinte de biosécurité et de les placer dans des plateaux pour élimination. À l’étape 3, un manipulateur de liquide Hamilton STARlet scanne les codes-barres échantillons, les saisit dans notre LIMS et les place dans des plaques à 96 puits, enregistrant les positions correspondantes sur le LIMS. L’étape 4 est effectuée par un manipulateur de liquide Hamilton Vantage dans notre méthode automatisée et manuellement dans notre méthode semi-automatisée. Le contrôle d’insert MS2 est ajouté et l’extraction d’ARN est effectuée avec le kit d’isolement d’acide nucléique viral / pathogène MagMAX Thermo Fisher. Après extraction, le Hamilton Vantage effectue la configuration de la réaction RT-qPCR à l’aide du kit Thermo Fisher TaqPath RT-PCR COVID-19 en consolidant quatre plaques à 96 puits dans une plaque à 384 puits pré-remplie avec le mélange maître RT-qPCR (Cette étape a été effectuée manuellement dans notre approche semi-automatique utilisant uniquement des plaques à 96 puits). Après que Hamilton Vantage a ajouté des contrôles positifs et négatifs, la plaque est déplacée vers un système de PCR en temps réel ABI QuantStudio 6 Flex pour la détection d’ARN. Dans notre approche semi-automatisée, RT-qPCR est effectuée sur un système de PCR en temps réel Applied Biosystems 7500. L’étape 6 implique l’interprétation des données RT-qPCR. Le kit Thermo Fisher TaqPath RT-PCR COVID-19 cible trois gènes SARS-CoV-2 représentés en bleu sur le diagramme du génome SARS-CoV-2 (NCBI NC_045512.2) Le cadre de lecture ouvert dirigé par le kit Thermo Fisher, ORF1ab, code les protéines non structurales pour la réplication, tandis que le pic (S) et nucléocapside (Nord), les gènes codent pour deux protéines structurales. Un diagramme de courbe d’amplification qPCR montre les critères selon lesquels les données de l’échantillon sont interprétées; Ct, seuil de cycle. D’autres critères d’interprétation des données sont détaillés dans « Les méthodes« Dans Figshare, et les détails du flux de travail sont décrits dans »Équipement de workflow semi-automatisé et automatisé« Sur Figshare. Beaucoup de figures créées avec BioRender.com.

En réponse à la pandémie, la FDA a promulgué son autorisation d’émettre des autorisations d’utilisation d’urgence (US), réduisant ainsi le temps requis pour concevoir et mettre en œuvre un nouveau test de diagnostic. Ce changement a permis aux entreprises de développer de nouveaux diagnostics basés sur la PCR pour le SRAS-CoV-2. Au lieu de partir de zéro, l’IGI a choisi d’adapter le test commercialisé par Thermo Fisher Scientific en raison de la disponibilité des réactifs, de la compatibilité des équipements et des performances de test robustes entre nos mains. Cependant, pour augmenter les performances des tests, réduire les coûts, améliorer la sécurité du personnel et utiliser l’équipement existant, nous avons modifié le flux de travail de Thermo Fisher aux États-Unis. Étant donné qu’un EUA est attribué à un protocole spécifique implémenté dans un équipement défini, nos modifications (utilisation réduite de réactifs, kit de prélèvement d’échantillons différent) ont fait de notre implémentation un test développé en laboratoire (LDT) qui nécessite un nouvel EUA (Fig . 2) Cependant, notre choix d’adapter un test avec un USA existant nous a permis de réaliser des études de pont, accélérant le chemin vers nos propres USA, avec l’aide supplémentaire du support technique de Thermo Fisher pendant nos efforts (voir « Les méthodes« Dans Figshare).

Fig.2: Workflow.
Figure 2

Présentation de la solution de diagnostic multiplex Thermo Fisher TaqPath COVID-199 9,dix montrant les étapes autorisées dans vos États-Unis (fond jaune) et la mise en œuvre IGI de ce flux de travail (fond bleu). Le laboratoire d’essais IGI SARS-CoV-2 a été établi en deux phases. La phase 1 a commencé par l’élimination automatique des échantillons de patients, suivie de la mise en œuvre manuelle du kit Thermo Fisher. La phase 2 est un flux de travail entièrement automatisé. Les mots en gras indiquent les éléments modifiés par rapport à l’implémentation précédente.

Pour réduire le coût de nos tests et limiter l’utilisation des réactifs face aux pénuries de la chaîne d’approvisionnement, nous avons modifié le nombre de réactifs utilisés pour l’extraction d’ARN et la transcription inverse et la PCR quantitative (RT-qPCR) après avoir vérifié que le test a maintenu des performances solides à la moitié du volume de réaction et avec des changements spécifiques dans certains volumes de réactifs (voir « Les méthodes« ET »PCOS semi-automatique« Dans Figshare). Les modifications supplémentaires apportées au test Thermo Fisher comprenaient le développement d’un nouveau kit de prélèvement d’échantillons dans le but d’assurer la sécurité de notre personnel bénévole, comme indiqué ci-dessus, et de contourner la pénurie de la chaîne de approvisionnement (voir « Kit de prélèvement d’échantillons: préparation, échantillon patient, prélèvement et transport”Dans Figshare) et son déploiement dans des gestionnaires de liquides pour augmenter les performances de test (voir ci-dessous).

Le kit Thermo Fisher utilise des paires amorce-sonde ciblant trois gènes SARS-CoV-2: ORF1ab, le gène de la protéine de pointe (S) et le gène de la protéine nucléocapside (Nord) (FIGURE. une) Pour obtenir un résultat positif, le test doit détecter deux des trois gènes dans un échantillon de patient (voir « Les méthodes« Dans Figshare). Le kit Thermo Fisher contrôle l’extraction et l’amplification de l’ARN en incluant un contrôle d’insertion du bactériophage MS2 ainsi que les paires amorce-sonde correspondantes, qui sont ajoutées avant l’extraction de l’ARN et le RT-qPCR, respectivement.

Dans le but de commencer les tests de diagnostic dès que possible, nous avons conçu notre flux de travail de recherche et développement pour commencer avec une approche semi-automatisée avec une capacité de 180 tests par jour qui pourrait être rapidement mise en œuvre tout en développant et validant un système de test entièrement automatisé pour augmenter les performances des tests à plus de 1 000 tests par jour. Le fonctionnement initial à capacité réduite a également permis d’identifier et de résoudre en temps opportun les inefficacités des processus et les problèmes techniques, ainsi que l’établissement de relations de travail avec des prestataires de soins de santé non universitaires pour répondre aux besoins d’une plus grande population à l’extérieur de notre campus.

Bien qu’un équipement spécialisé ne soit pas requis pour effectuer un test RT-qPCR manuellement, il est essentiel de minimiser le potentiel d’erreur humaine. À cette fin, nous avons mis en œuvre un manipulateur de liquide (Hamilton STARlet) pour effectuer la consolidation des échantillons de patients dans des plaques de puits profonds à 96 puits (flux de travail semi-automatisé) et un deuxième manipulateur de liquide (Hamilton Vantage) pour effectuer l’extraction de ARN et générer des plaques prêtes pour RT-qPCR dans le flux de travail entièrement automatisé (Figs. une et 2 et « Équipement de workflow semi-automatisé et automatisé« Dans Figshare). Le code d’automatisation personnalisé pour le Hamilton STARlet et le Hamilton Vantage en configuration IGI est disponible sur demande (voir »Flux de travail du processus d’automatisation Hamilton Microlab STARlet et Hamilton Vantage« Chez Figshare). Au début de notre processus, nous bénéficions de matériel de laboratoire emprunté (machines qPCR, manipulateurs de liquide, armoires de sécurité biologique, et stockage frigorifique supplémentaire pour permettre la sauvegarde en cas de panne de l’équipement, ainsi que notre capacité expansion du test) et nous avons acquis le nôtre au fur et à mesure

Avec les modifications implémentées dans le protocole Thermo Fisher, notre LDT a été validé dans le cadre de la CLIA, comme décrit ci-dessous, et notre EUA a été soumis à la FDA en tant qu’étude de transition pour l’EUA original attribué à Thermo Fisher. La validation d’un LDT nécessite de mesurer des centres spécifiques pour les services Medicare et Medicaid et des mesures de la FDA pour la validité analytique et clinique et pour atteindre ou dépasser les repères. Pour notre essai semi-automatique, il s’agissait (i) de mesurer la limite de détection de l’essai (LOD); (ii) évaluer la validité clinique et analytique en effectuant des échantillons positifs et négatifs simulés à des concentrations connues, et (iii) effectuer notre LDT sur des échantillons précédemment identifiés comme positifs et négatifs pour le SRAS-CoV-2 fournis par deux centres de test locaux. diagnostic clinique.

Pour mesurer la LOD, la FDA recommande que «les laboratoires testent une série de dilutions de trois répétitions par concentration, puis confirment la concentration finale avec 20 répétitions».8 Aux fins des États-Unis, l’agence définit la LD comme «la concentration la plus faible à laquelle les répliques 19/20 sont positives». Conformément à cette recommandation, nous avons déterminé que la LOD de notre test est de 1 copie génomique par microlitre (voir « Limite de validation de la détection et de l’évaluation de l’échantillon clinique en méthode semi-automatisée« Dans Figshare).

Pour s’assurer que les tests de diagnostic sont cliniquement valables, la FDA recommande « que les laboratoires confirment leurs performances de test avec une série d’échantillons cliniques artificiels en testant au moins 30 échantillons réactifs artificiels et 30 échantillons non réactifs ». Nous avons évalué la validité clinique de notre LDT en créant une variété de différents types d’ARN artificiels positifs et négatifs ARS-CoV-2 en utilisant l’ARN témoin positif SARS-CoV-2 du kit de contrôle TaqPath COVID-19, des échantillons de patients positifs pour le SRAS-CoV-2 provenant de deux installations d’essai locales et l’ARN de contrôle négatif humain. Les résultats ont montré un accord à 100% avec les échantillons positifs et négatifs attendus (voir « Limite de validation de la détection et de l’évaluation de l’échantillon clinique en méthode semi-automatisée« ET »Test d’évaluation clinique des échantillons dans une méthode semi-automatique (plaques PCR en double)« Dans Figshare).

La spécificité des paires amorce-sonde et le potentiel de réactivité croisée avec d’autres agents pathogènes courants ont été précédemment évalués par Thermo Fisher aux USA. Pour confirmer davantage la spécificité de notre portefeuille, nous démontrons que les ensembles d’amorces-sondes ne réagissent pas de manière croisée avec l’ARN humain d’une lignée cellulaire à virus négatif et qu’ils donnent des résultats négatifs pour les échantillons de patients d’autres installations de test qu’auparavant. ont été identifiés comme négatifs pour le SRAS-CoV-2 à l’aide de paires orthogonales d’amorce-sonde (voir « Limite de validation de la détection et de l’évaluation de l’échantillon clinique en méthode semi-automatisée« ET »Test d’évaluation clinique des échantillons dans une méthode semi-automatique (plaques PCR en double)« Dans Figshare).

En développant notre flux de travail automatisé, nous avons mené des expériences pour évaluer la DL et la sensibilité clinique et analytique (voir « Limite de détection et de validation des échantillons cliniques en méthode automatisée«  »Les méthodes« ET »POE automatisé« Dans Figshare). Notre méthode automatisée a montré une sensibilité analytique et clinique comparable, avec un LOD égal ou supérieur à celui de notre méthode semi-automatique. Au moment de cette correspondance, nous nous préparons pour la présentation américaine pour commencer le passage à une plateforme de test automatisée.

Pour prendre en charge le flux de travail technique du laboratoire de test IGI et suivre les échantillons de patients dans nos installations, nous avons développé un système de logiciel de gestion des informations de laboratoire (LIMS) personnalisé avec Third Wave Analytics. Notre LIMS a été conçu en deux phases pour s’adapter à nos approches semi-automatisées et automatisées de manière rentable et conforme à la HIPAA (voir « Exemple de workflow automatisé et semi-automatisé« ET »Vidéo: interface LIMS de la méthode semi-automatique« Dans Figshare). Dans la phase 1 de la construction LIMS, les codes-barres des patients non identifiés sont utilisés pour le suivi des échantillons. LIMS renvoie les résultats des codes-barres non identifiés, qui sont envoyés à l’UHS pour intégration dans votre système de santé électronique. Là, les résultats sont connectés à un dossier patient spécifique en utilisant une correspondance de code-barres à identifiant unique standard. Un modèle de notre architecture LIMS, personnalisé pour notre configuration semi-automatique, est disponible uniquement pour le coût de la licence, comme décrit dans le Site Web de l’IGI.

Dans la phase 2 du développement LIMS, qui correspond à notre approche automatisée, nous avons créé un portail d’accès clinique conforme à la HIPAA à travers lequel des tests sont demandés et rapportés, qui admettent des échantillons de patients non-UC Berkeley (voir « Tests, LIMS et développement d’interfaces médicales« ET »Interface IGI avec les partenaires UC et non UCHealth« Dans Figshare). Pour permettre davantage les partenariats non-UC Berkeley, nous avons incorporé une interface payante au sein du portail. Le partenariat avec des organisations non-UC Berkeley nous a permis de passer les tests aux populations mal desservies, à haut risque et autres populations prioritaires. En tant que travailleurs des infrastructures essentielles et premiers intervenants non protégés, Pour répondre à ces besoins dans notre communauté, nos partenaires incluent LifeLong Medical, la ville de Berkeley, la Roots Community Clinic et les services publics appartenant à l’État.

Tous les résultats des tests sont communiqués au médecin demandeur et au California Information of Disable Disease Information Exchange (CalREDIE) du ministère de la Santé publique de Californie au format .csv. Les données sont transférées à l’aide du service de messagerie Google UC de Berkeley et du cryptage Virtru.

En résumé, nous décrivons ici un processus de création d’un laboratoire d’essais cliniques certifié CLIA dans un établissement non médical. L’extension de la licence d’une installation certifiée CLIA existante, l’utilisation de la formation en ligne HIPAA et l’adaptation d’un test FDA autorisé commercialement ont permis d’économiser beaucoup de temps et de ressources. Les goulots d’étranglement de la chaîne d’approvisionnement ont été gérés en obtenant des tubes de collecte et des échantillons alternatifs auprès d’un fournisseur disposant de stocks adéquats, en utilisant des équipements donnés, en validant les réactions à demi-volume dans notre essai, en adoptant des codes-barres d’échantillons internes et en adaptant les matériaux (par exemple, tubes d’échantillonnage) pour fonctionner avec l’équipement disponible. Enfin, l’EPI qui comprend des masques, des gants et des blouses a été obtenu par don à nos installations.

Le laboratoire de tests IGI est actuellement principalement soutenu par la philanthropie, ce qui a permis notre déploiement rapide et l’accès à des populations qui, autrement, ne seraient pas en mesure d’obtenir des preuves. Alors que la loi CARES exige une couverture d’assurance pour les tests SARS-CoV-2, y compris une couverture pour les personnes non assurées, les universités sans hôpital affilié n’ont pas le service des réclamations d’assurance nécessaire pour accéder à ce soutien financier. Nous encourageons les entités gouvernementales à envisager des subventions aux universités dotées d’installations d’essai pour permettre à ces services essentiels de continuer sans entrave et pour permettre l’élargissement de la gamme des institutions capables de répondre à cette crise.

Certaines observations basées sur les résultats des tests initiaux sont pertinentes ici. Premièrement, la gamme de titre viral dans les échantillons de patients peut varier de six ordres de grandeur, et nous détectons systématiquement des échantillons positifs avec une charge virale approchant notre LD. Cette plage affectera la sensibilité du test pour les échantillons regroupés, ce qui soulève des préoccupations quant à l’utilité de ces tests de surveillance s’ils sont largement mis en œuvre. Deuxièmement, nous avons observé des échantillons positifs obtenus par des méthodes orales, nasales et orales-nasales mixtes, mais nos données ne traitent pas de la sensibilité comparative de ces méthodes. Enfin, nous avons détecté un taux de positivité de ~ 3,5% pour notre population totale évaluée, qui est enrichi pour les patients présentant des symptômes ou potentiellement exposés à UC Berkeley et avec un statut socio-économique faible ou des membres vulnérables de la communauté (voir « Résultats obtenus à ce jour« Dans Figshare). Bien que dans l’ensemble, ce pourcentage de résultats de test positifs soit en accord avec celui des autres installations de test dans la région de la baie de San Francisco, ces échantillons positifs ne sont pas uniformément répartis entre les populations que nous desservons. Cette observation, bien que ne faisant pas partie d’une étude contrôlée, souligne néanmoins les résultats ailleurs que cette maladie affecte de manière disproportionnée les communautés confrontées à des disparités de santé existantes.Onze,12,13,14. Nos observations soulignent la nécessité d’élargir l’accès aux tests et aux soins de suivi pour ces communautés.

Pour répondre aux besoins continus de surveillance à grande échelle, l’installation IGI développe des tests à base de salive et, à terme, vise à mettre en œuvre des tests sérologiques pour permettre un meilleur suivi de la transmission de la population et des taux de séroconversion. Conformément à notre mission en tant qu’institut de recherche, notre installation permet également la recherche sur la transmission asymptomatique et l’analyse de l’évolution de la séquence virale et fournit une évaluation comparative des nouvelles technologies de diagnostic.

Bien que les défis auxquels nous avons été confrontés aient été formidables, notre expérience et celle des autres montre qu’ils peuvent être surmontés. Nous encourageons d’autres institutions dotées d’un département de biologie moléculaire et d’une clinique de santé dotée de personnel CLS à reproduire ou à étendre notre approche et à créer ensemble une ressource inestimable pour contrôler cette pandémie.

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Agradecimientos

Estamos en deuda con las siguientes organizaciones e individuos cuyo apoyo y contribuciones hicieron posible nuestro trabajo: la canciller de UC Berkeley, Carol Christ, la vicerrectora de investigación de UC Berkeley, Randy Katz, el decano de ciencias biomédicas de UC Berkeley, Michael Botchan, el asesor principal de Charles UC, Charles Robinson, y el presidente de UC. Janet Napolitano brindó apoyo estratégico a lo largo de nuestro esfuerzo. Robert Tjian, del Departamento de MCB, permitió nuestro esfuerzo mediante un compromiso y una acción consistentes en todos los niveles necesarios. El vicerrector de Salud de UC Berkeley, Guy Nicolette, Holly Stern y la directora médica del Centro Tang, Anna Harte, habilitaron y guiaron nuestra interfaz a los Servicios de Salud de la Universidad. Joseph DeRisi y Eric Chow (CZ Biohub) permitieron a nuestro personal visitar el CZ Biohub, donde UCSF Clinical opera un laboratorio de diagnóstico de SARS-CoV-2, y compartieron detalles clave sobre su configuración organizacional y flujo de trabajo que informaron nuestro propio esfuerzo. Lisa Hernández (Salud Pública de la Ciudad de Berkeley) y el Jefe David Brannigan (Departamento de Bomberos de la Ciudad de Berkeley) imaginaron y lideraron el establecimiento de una asociación entre la ciudad, el IGI y LifeLong Medical. La inspectora Dori Tieu (Departamento de Bomberos de la Ciudad de Berkeley) proporcionó apoyo logístico y operativo clave. Michael Stacey, Kim Nguyen y Yui Nishiike (LifeLong Medical Care) brindaron orientación y apoyo clave para establecer flujos de trabajo en la interfaz IGI – LifeLong; Breanne Grady y Noha Aboelata (Clínica Comunitaria Roots) prestaron su esfuerzo habilitador afín para la interfaz IGI-Roots. La comisionada Karen Douglas (Comisión de Energía de California) y Barry Moline (Asociación de Servicios Públicos Municipales de California) iniciaron y guiaron la asociación de prueba entre el IGI y los servicios públicos de propiedad estatal. Jeffrey Shapiro y Jacek Skarbinsky (Kaiser Permanente) proporcionaron muestras de pacientes no identificadas. Alan Sachs, Elizabeth Kerr, Christopher Cowen y David Woo (Thermo Fisher) brindaron apoyo científico y logístico y aseguraron una cadena de suministro sostenida. Ray Turner y Nigel Mouncey (JGI) proporcionaron apoyo personal habilitante. Los laboratorios Dillin, Karpen, Naar, Niyogi y Herr donaron equipos de laboratorio esenciales. El laboratorio de Stanley puso a su disposición su espacio BSL-3. Pattern y UC Berkeley College of Engineering donaron PPE. Thomson Reuters proporcionó a nuestro personal capacitación sobre HIPAA. El financiamiento inicial fue provisto por IGI Founders Fund, Anders Naar, Rick y Rachel Klausner, y la Fundación Shurl y Kay Curci. También agradecemos a Jamie Cate, directora de UC Berkeley CEND Julia Schaletsky, Hamilton, Bayer, Zebra, Salesforce, ThirdWave Analytics, Illumina, Active Motif, Riffyn, ACT Catering, USA Scientific, Sartorius, NanoCellect, Dovetail Genomics, Takara Bio, Immudex, Twist Bioscience, Fisher Scientific, 10X Genomics y Novogene para apoyo, estímulo y sustento.

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Afiliaciones

Consorcios

Autores correspondientes

Correspondencia a
Jennifer A. Doudna ou Ralph Green ou Dirk Hockemeyer ou Fyodor D. Urnov.

Declaraciones de ética

Conflicto de intereses

The Regents of the University of California have patents issued and pending for CRISPR technologies on which J.A.D. is an inventor. J.A.D. is a cofounder of Caribou Biosciences, Editas Medicine, Scribe Therapeutics and Mammoth Biosciences. J.A.D. is a scientific advisory board member of Caribou Biosciences, Intellia Therapeutics, eFFECTOR Therapeutics, Scribe Therapeutics, Mammoth Biosciences, Synthego, Algen Biotechnologies, Felix Biosciences and Inari. J.A.D. is a director at Johnson & Johnson and has research projects sponsored by Biogen, Pfizer, AppleTree Partners and Roche.

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Nota editorial: Este artículo ha sido revisado por pares.

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Amen, A.M., Barry, K.W., Boyle, J.M. et al. Blueprint for a pop-up SARS-CoV-2 testing lab.
Nat Biotechnol (2020). https://doi.org/10.1038/s41587-020-0583-3

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