Biotech Etats-Unis – OHSU: les origines COVID-19 de l’Oregon sont parmi les plus diversifiées aux États-Unis. – Act-in-biotech

13 introductions différentes de coronavirus en Oregon, le séquençage du génome suggère

PORTLAND, Oregon (KOIN) – Les origines du nouveau coronavirus en Oregon peuvent être l’une des plus diverses à ce jour aux États-Unis, ont annoncé des chercheurs de l’Oregon Health and Sciences University après avoir séquencé avec succès 16 génomes du nouveau coronavirus collectés dans l’État.

Dans un rapport, Brian O’Roak, professeur agrégé de génétique moléculaire et médicale à l’École de médecine de l’OHSU, a déclaré que les premières séquences qu’ils ont faites ont révélé que l’introduction du virus dans la région métropolitaine de Portland est assez diversifiée, contrairement à d’autres épidémies en les Etats Unis

« Les premières données actuelles suggèrent qu’il y a eu 13 introductions du SRAS-CoV-2 au cours des deux derniers mois », a-t-il déclaré.

Brian J. O’Roak, Ph.D., professeur adjoint de génétique moléculaire et médicale, OHSU, 4 janvier 2017. (OHSU / John Valls)

Jusqu’à présent, deux branches principales du nouveau coronavirus dans l’Oregon ont été révélées par le séquençage. L’une est appelée la lignée A2a, qui est «la souche qui s’est répandue à travers l’Europe et New York», a déclaré O’Roak. «Nous avons plusieurs introductions indépendantes de cette souche en Oregon, dont une qui représente 20% des échantillons.»

La deuxième branche principale – également environ 20 pour cent des échantillons – a probablement voyagé le long de l’Interstate 5 de la Colombie-Britannique, en passant par Washington puis en Oregon au début de l’épidémie, un communiqué de presse de l’OHSU a déclaré. D’autres succursales du séquençage ont traversé l’Europe au Canada au début du mois de mars, puis en Oregon juste avant le décret du gouverneur Kate Brown pour rester à la maison, sauver des vies.

Ruth O’Connell, Ph.D., inspecte des échantillons passant par la synthèse d’ADNc, qui convertit l’ARN viral simple brin en molécule double brin qui peut ensuite être séquencée. (OHSU)

Les 16 génomes du SRAS-CoV-2 séquencés à l’OHSU ont plus que doublé la quantité précédente, dans laquelle seulement 11 génomes du virus ont été séquencés en Oregon. Les nouvelles séquences de OHSU ont été publiées dans la base de données virale GISAID le 11 mai, environ un mois après le début de leur séquençage.

OHSU a déclaré que l’équipe accélère le séquençage dans l’espoir d’obtenir au moins 50 génomes complétés par semaine. Ils se coordonnent avec les laboratoires cliniques de l’État pour obtenir des échantillons positifs et rendre toutes les données immédiatement accessibles au public.

Pour plus d’informations sur le centre de séquençage du génome SARS-CoV-2 de l’Oregon à l’OHSU, veuillez envoyer un courrier électronique covidseq@ohsu.edu.

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