Biotech en Asie – Le CCMB trouve un cluster distinct parmi les coronavirus en Inde – Act-in-biotech

Hyderabad, 4 juin (IANS) Le Center for Cellular and Molecular Biology, Hyderabad, a identifié un groupe distinct dans le coronavirus trouvé chez les Indiens, mais a précisé qu’il n’y a pas encore de données pour dire qu’il est plus ou moins dangereux que l’autre population de virus.

Les scientifiques ont identifié un groupe unique de population de virus dans 41% du génome séquencé en Inde. Le «clade A3i» se trouve principalement dans les États du sud du Tamil Nadu et de Telangana.

« Nous ne disposons d’aucune donnée pour dire que la nouvelle population de virus (Clade A3i) chez les Indiens est plus ou moins dangereuse que l’autre population de virus (Clade A2a) présente ici », a tweeté le CCMB jeudi.

« L’analyse de séquence » prédit « l’une des mutations pourrait éventuellement rendre le Clade A3i plus faible que le Clade A2a. Il n’y a pas encore de données pour le valider », a-t-il ajouté.

Plus tôt, le premier institut de recherche, sous l’égide du Conseil de la recherche scientifique et industrielle (CSIR), a publié une nouvelle préimpression sur l’analyse du génome de la propagation du SRAS-CoV2 en Inde.

«Les résultats montrent qu’un groupe distinct de population de virus, non caractérisé jusqu’à présent, qui est répandu en Inde – appelé le Clade A3i. Ce cluster semble provenir d’une épidémie en février 2020 et s’est propagé à travers l’Inde. Cela comprend 41% de tous les génomes du SRAS-CoV2 provenant d’échantillons indiens et 3,5% des génomes mondiaux soumis au domaine public », indique le document.

Les évaluations épidémiologiques suggèrent que l’ancêtre commun a émergé en février et a peut-être entraîné une épidémie suivie d’une propagation dans tout le pays, comme en témoigne la faible divergence des génomes à travers le pays, a-t-il ajouté.

Le directeur du CCMB et co-auteur de l’article, Rakesh Mishra, a déclaré que la plupart des échantillons de Telangana et du Tamil Nadu étaient similaires à «Clade A3i».

«Les isolats formant ce groupe étaient prédominants dans un certain nombre d’états et potentiellement caractérisés par un ensemble commun de quatre variantes génétiques. Le cluster est potentiellement issu d’une seule épidémie suivie d’une propagation rapide à travers le pays. À notre connaissance, il s’agit du premier rapport complet sur le nouveau et prédominant groupe de séquences en provenance d’Inde et suggère sa distribution au-delà de l’Inde dans de nombreux pays du Moyen-Orient, d’Asie du Sud et d’Océanie », indique le document.

«La disponibilité de génomes entiers provenant de plusieurs États en Inde nous a incités à analyser les grappes phylogénétiques de génomes en Inde. Nous avons effectué le séquençage du génome entier pour 64 génomes totalisant 361 génomes en provenance d’Inde, suivi d’un regroupement phylogénétique, d’une analyse de substitution et d’une datation des différents clusters phylogénétiques de génomes viraux. Nous décrivons un cluster phylogénétique distinct (Clade I / A3i) de génomes du SRAS-CoV-2 de l’Inde, qui englobe 41% de tous les génomes séquencés et déposés dans le domaine public de plusieurs États indiens. À l’échelle mondiale, 3,5% des génomes, qui jusqu’à présent ne pouvaient être associés à aucun cluster connu distinct, appartiennent à ce clade nouvellement défini », indique le document.

Au cours de sa transmission, le SRAS-CoV-2 s’est différencié en au moins 10 clades à l’échelle mondiale et évolue continuellement. Les chercheurs disent que cela a des implications dans l’épidémiologie génétique, la surveillance, la recherche des contacts et le développement de stratégies à long terme pour atténuer cette maladie.

Les génomes isolés d’Inde se sont révélés être classés en 5 grappes. 4 de ces grappes sont des clades connus identifiés par Nextstrain: A2a, A3, B et B4. Le premier et le principal groupe regroupaient 133 (62%) des génomes qui appartenaient au clade A2a du génome du SRAS-CoV-2. Le clade était représenté par des échantillons provenant de plusieurs États à travers le pays, notamment le Gujarat, le Bengale occidental, le Maharashtra, le Tamil Nadu et le Telangana.

Le deuxième groupe en importance comprenait 62 génomes (29%). Ce groupe de séquences n’a pu être classé dans aucune des 10 séquences de clade définies par Nextstrain. «Compte tenu de toutes les données génomiques disponibles en Inde, le clade I / A3i est représenté dans 145 génomes (41,2%) et représenté par 16 des 19 États dont les génomes sont originaires. Les États du Tamil Nadu, de Telangana, du Maharashtra et de Delhi ont les proportions les plus élevées de ce clade, suivis du Bihar, du Karnataka, de l’Uttar Pradesh, du Bengale occidental, du Gujarat et du Madhya Pradesh », a ajouté le journal.

–IANS

ms / vd

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