Biotech en Asie – La recherche du CSIR identifie un trait unique dans un virus en Inde – Act-in-biotech

Écrit par Abantika Ghosh
| New Delhi |

Publié le 3 juin 2020 à 1:25:11





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Les scientifiques indiens ont identifié un trait unique dans la composition génétique du roman coronavirus circulant en Inde, qui est différent du virus qui est répandu dans d’autres parties du monde.

En outre, ce trait particulier pourrait potentiellement affaiblir le virus, a déclaré l’un des scientifiques impliqués dans l’étude.

Cette différence génétique particulière, dénommée «Clade I / A3i», a été trouvée dans 41% des séquences du génome effectuées sur le virus recueillies auprès de patients indiens.

À l’échelle mondiale, seulement 3,5% de toutes les séquences du génome effectuées sur ce virus ont ce caractère particulier.

Un «clade» est un groupe taxonomique d’organismes qui sont classés ensemble sur la base de caractéristiques homologues remontant à un ancêtre commun. En termes simples, un clade peut être compris comme une souche du virus.

Lundi, le Centre de biologie cellulaire et moléculaire du Conseil de la recherche scientifique et industrielle (CSIR-CCMB) a publié sur Twitter un lien vers une nouvelle préimpression non révisée par des pairs sur l’analyse du génome du SARS-CoV-2 en Inde. .

« Les résultats montrent qu’un groupe distinct de population de virus, non caractérisé jusqu’à présent, qui est répandu en Inde – appelé le Clade A3i », a déclaré le tweet.

«Ce cluster semble provenir d’une épidémie en février 2020 et s’est propagé à travers l’Inde. Cela comprend 41% de tous les génomes du SRAS-CoV-2 provenant d’échantillons indiens et 3,5% des génomes mondiaux soumis au domaine public. »

Les chercheurs, qui ont séquencé 64 génomes (l’ensemble complet de matériel génétique) ont lié le cluster Clade I / A3i à la souche SARS-CoV-2 prédominante circulant au Tamil Nadu, Telangana, Maharashtra et Delhi.

Le Conseil indien de la recherche médicale (ICMR) a jusqu’à présent soutenu qu’il existe trois principales variantes en Inde du virus du SRAS-CoV-2: celles qui provenaient de Wuhan, des États-Unis et d’Europe via des voyageurs aériens.

Selon l’ICMR, il y a eu très peu de mutation dans les zones importantes du génome viral.

« Les évaluations épidémiologiques suggèrent que l’ancêtre commun a émergé au mois de février 2020 et a peut-être entraîné une épidémie suivie d’une propagation à l’échelle du pays, comme en témoigne la faible divergence des génomes à travers le pays », ont déclaré les chercheurs dans la préimpression, ‘A groupe phylogénétique distinct d’isolats indiens du SRAS-CoV-2 ».

«À notre connaissance, il s’agit de la première étude approfondie caractérisant le groupe distinct et prédominant de SARS-CoV-2 en Inde.»

Interrogé sur l’importance d’identifier le nouveau cluster, l’un des auteurs du document a déclaré L’Indian Express: «Le clade A3i semble être le clade responsable de l’épidémie initiale à travers le pays. Vous pouvez le distinguer des autres clades en fonction de quatre différences dans sa séquence.

«À ce stade, il n’est pas concluant de dire ce que ces différences signifient, mais l’une d’entre elles pourrait potentiellement affaiblir le virus. De plus, il mute plus lentement que l’autre clade (A2a) qui est répandu en Inde, ce qui est souvent désavantageux pour le virus. Seul le temps nous dira quels clades prévaudront et lesquels ne le seront pas. »

Les chercheurs ont conclu que Clade I / A3i était représenté dans la plupart des États dont les génomes sont disponibles.

«Les membres du Clade I / A3i formaient la classe prédominante d’isolats des États du Tamil Nadu, de Telangana, du Maharashtra et de Delhi, et le deuxième plus grand nombre de membres au Bihar, Karnataka, UP, Bengale occidental, Gujarat et MP», les chercheurs ont dit.

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