Biotech Afrique- INTERVIEW: Ce qu’il faut savoir sur les souches COVID-19 au Nigeria – Act-in-biotech

Au cours de l’épidémie d’Ebola 2014-2016, le professeur Christian Happi et ses collègues ont utilisé la génomique avancée et la technologie de séquençage profond pour développer rapidement de nouveaux tests de diagnostic rapides de cinq minutes contre la maladie à virus Ebola, dans les quatre mois suivant l’épidémie. L’OMS et la Food and Drug Administration des États-Unis (FDA) ont depuis approuvé ce diagnostic. Lui et son équipe ont également travaillé à l’élaboration d’un nouveau test de diagnostic rapide de cinq minutes pour la fièvre de Lassa. En plus de ces percées majeures, M. Happi a découvert deux nouveaux virus (EKV-1 et EKV-2) dans l’État d’Ekpoma Edo, en utilisant une nouvelle technologie de pointe appelée métagénomique microbienne, en 2015.

Dans cette interview avec Chiamaka Okafor, M. Happi, biologiste moléculaire et directeur du Centre africain d’excellence pour la génomique des maladies infectieuses financé par la Banque mondiale (ACEGID) de l’Université du Rédempteur, Ede, dans l’État d’Osun au Nigéria, examine les résultats d’une étude récente d’un séquençage avancé du SARS-COV2 qui montre qu’il existe 3 lignées ou souches de COVID-19 existant au Nigéria. Cette interview a également exploré les implications de ces résultats pour contenir le virus, ainsi que d’autres spéculations sur la mutation du virus. Extraits:

Q: Un séquençage génomique récent de votre laboratoire a montré la présence de trois lignées de coronavirus circulant au Nigeria

UNE: Nous avons utilisé une technologie de séquençage avancée, c’est-à-dire briser le virus et avoir accès à toute sa structure ADN / ARN. Nous avons une méthode de calcul, que nous avons utilisée pour comparer le virus au Nigéria à d’autres virus circulant ailleurs. Nous avons réalisé que trois lignées circulent au Nigeria (lignées A, B.1 et B.2.1); la lignée A est la lignée d’origine originaire de Wuhan, en Chine, cela signifie que certains virus proviennent directement de Chine; lignée B.1, la lignée qui circulait en Europe et qui a également changé pour la lignée B.2.1 qui circule en Amérique du Nord. Nous savons donc que nous avons trois sources d’importation: la Chine. Amérique et Europe. C’est une conclusion majeure des données jusqu’à présent, je suis sûr que lorsque nous examinerons plus de données, nous en trouverons probablement plus.

Q: Au fil du temps, nous avons vu des études sur la mutation du virus. Existe-t-il de telles mutations dans cette étude?

UNE: Nous avons réalisé que le virus a changé, une mutation. Il y avait une mutation particulière dans le virus qui était très importante, cette mutation est la Mutation D614G; a démontré que cette mutation est associée à une transmissibilité accrue, le virus est plus infectieux et aussi plus pathogène. Nous avons constaté que chez quatre patients et trois d’entre eux avaient des maladies graves.